با وجود پیشرفت ها و بالا رفتن تولید و فروش، شرکت نیلپر با یک مشکل جدی مواجه شد. وجود مشکلات کیفی و تحویل قطعات از طرف توزیع کنندگان، برخلاف پیگیری ها و آموزش ها، توزیع کنندگان قادر به تحویل سریع و به موقع و با کیفیت قطعات نیلپر نشدند. با وجود هشدار های فراوان از طرف مشاوران به شرکت و پیشنهاداتی در زمینه تسلط بر زنجیره توزیع کنندگان، با تلاش بسیار زیاد کارخانه ای بزرگ و مجهز با مساحت ۴۰۰۰۰ متر مربع، طراحی و ساخته شد و تمامی امکانات و وسایل مورد نیاز در آن پیش بینی گردید. این مجموعه اتفاقات در سال ۱۳۸۷ به وقوع پیوست.